این مسجد به شکل مستطیل و به ابعاد ۶ × ۱۰ و در دو ردیف ستون سه تایی با پوشش مسطح چوبی بنا شده. زیباترین بخش این مسجد، محراب گچ بری شده ایه که با نقوش هندسی، اسلیمی و گل های چهار پر تزیین شده. بخش فوقانی محراب رو با کتیبه هایی به خط ثلث و نستعلیق، در دوره ایلخانی و قاجار تزئین کردن. نام سازنده این بنا در کتیبه مسجد به این صورت نوشته شده : ( استاد محمد بن الحسین بن علی بن ابی طالب المهندس البنا الدامغانی )
ارتفاع محراب ۳،۹ متر و عرض ۳،۳ مترِ و دارای کتیبه هاییه که آیاتی از سوره بقره و توبه نوشته شده. ساخت مناره آجری مجموعه بسطام مربوط به تاریخ ۵۱۴ هجری قمریِ. این مناره دارای تزیین آجری کاری در طرح های هندسی است. در قسمت جنوبی حیاط مجموعه، بقعه امام زاده محمد قرار داره که با توجه به متون تاریخی این بقعه رو مدفن یکی از نوادگان امام صادق (ع) می دونن. ساختمان این بنا گنبدی مخروطی و سه پوش داره.