از جمله آثار تاریخی بافران که بنای اصلی آن براساس شواهد موجود، احتمالاً به قرون اولیۀ اسلامی می رسد مسجد جامع بافران است. نظر عده ای بر این است که پیش از ورود دین مبین اسلام به بافران، این مسجد به عنوان آتشکدۀ زرتشتیان، مورد استفاده بوده و فقدان محراب در ساختمان مسجد را مویّد این نکته می دانند. تنها سند تاریخی دربارۀ بنای مسجد، کتیبه ای سنگی با ابعاد ۲۰ × ۲۰ سانتیمتر است که بر بالای محراب فعلی مسجد، نصب شده است. بر روی کتیبۀ مزبور با خط ثلث برجسته ، کلمۀ طیببۀ «لا اله الا الله، محمد رسول الله، علی ولی الله » حک شده و در پایین آن جملۀ «کَتَبَه حبیب الله » و «سنۀ ۹۶۶ » به چشم می خورد . جملۀ نخست ، نشانگر نام نویسندۀ آن سنگ نوشته و عبارت دوّم با توجه به نزدیکی زمان ساخت مسجد جامع نایین و مسجد جامع بافران در قرنهای اوّلیۀ اسلامی ، نشان دهندۀ تاریخ تعمیر مسجد است نه تاریخ احداث آن.