این روستا از شمال به مزرعه رفیع آباد و از جنوب به مزرعه قاسم آباد محدود می شود. ارتفاع روستای مزرعه کلانتر از سطح دریا در حدود ۱۱۰۲ متر است و اقلیمی گرم و خشک دارد. آب و هوای آن در فصول بهار و پاییز نسبتاً خنک است. روستای مزرعه کلانتر یکی از نقاط تاریخی و ارزشمند استان یزد به شمار می آید. در این روستا آثاری از آب انبارهای قدیمی، آسیاب های آبی و بقایای قلعة تاریخی به جا مانده است. قدمت این قلعه به دوره های پیش از اسلام می رسد. مزرعه کلانتر از روزگاران گذشته در مسیر راه های تجاری و ارتباطی قرار داشته و به همین جهت واجد ارزش های تاریخی و گردشگری است.
جاذبه های گردشگری روستای مزرعه کلانتر در سمت جنوبی شهرستان میبد یکی از نقاط باارزش بافت تاریخی شهرستان میبد است که از لحاظ توریستی دارای اهمیت خاصی است بسیاری از بناهای موجود در این بافت از لحاظ تاریخی دارای اهمیت فراوانی هستند و در بافت روستا خانه هایی دیده می شود که بر روی سطح شیب دار به سمت غرب احداث گردیده است و نظام مهندسی خاصی بر این مجموعه حاکم می باشد. هر کدام از خانه ها دارای دالان های طولانی است و پلان های دو خانه چنان با هم طراحی شده است که از فضای پشت بام نمی توان آن ها را از هم تفکیک کرد.
چشم انداز روستا از لحاظ اکوتوریستی نیز حائز اهمیت است مزرعه کلانتر از روستاهای جالب توجه و دیدنی استان یزد و شهرستان میبد است فضای روستا جذابیت خاصی دارد و گردشگران بسیاری در ایام تعطیل برای بازدید و گذران اوقات فراغت به آن مراجعه می کنند.